Ochrona gatunkowa roślin, zwierząt i grzybów ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk, gatunków rzadko występujących, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Z roślin podlegających ścisłej ochronie na terenie powiatu można spotkać:

Krzewy, krzewinki:
a) kosodrzewina –płożący się krzew, o gałęziach wznoszących się, tworzy gęste zarośla ponad górną granicą lasu, występuje tylko na Babiej Górze.
b) wawrzynek wilczełyko – rośnie w lasach na glebach próchnicznych, jedna z najwcześniej kwitnących roślin
c) bluszcz pospolity – rośnie głownie w lasach liściastych, pnąc się po powierzchni pni, gałęziach, skałach lub glebie

Rośliny zielne:
a) skrzyp olbrzymi – rośnie w wilgotnych zaroślach i w lasach łęgowych oraz na obrzeżach mokrych łąk. Występuje m.in. na terenie gminy Zawoja, Zembrzyce.
b) dziewięćsił bezłodygowy – spotykany najczęściej na suchych łąkach, w widnych lasach. Roślina obserwowana we wszystkich gminach powiatu, a w szczególności w rejonach górskich i podgórskich.
c) ciemiężyca zielona – występuje w wilgotnych lasach liściastych oraz na ich obrzeżach, a w wyższych położeniach górskich jest ona częstym składnikiem ziołorośli. Roślina obserwowana we wszystkich gminach powiatu.
d) szafran spiski – charakterystyczny górski zwiastun wiosny, za najbardziej typowe siedliska występowania uznaje się łąki górskie i płaty tzw. roślinności ziołoroślowej, a znacznie rzadziej widne lasy. Występuje m.in. na terenie gminy Zawoja, Stryszawa.
e) ozorka zielona – występuje najczęściej w miejscach odkrytych na halach i na łąkach, jak i w zaroślach i w lasach. Zagrożeniem dla gatunku jest przeorywanie łąk oraz ich nawożenie.
f) storczyca kulista – rośnie na trawiastych stokach, w murawach górskich oraz w płatach ziołorośli i wśród luźnych zarośli. Roślina obserwowana we wszystkich gminach powiatu.
g) storczyk męski – preferuje łąki świeże i suche oraz umiarkowanie suche zarośla i widne lasy liściaste. Roślina obserwowana we wszystkich gminach powiatu.
h) wyblin jednolistny – roślina torfowisk niskich i przejściowych, wilgotnych lasów oraz muraw na podłożu wapiennym.

Ze zwierząt podlegających ścisłej ochronie prawnej na terenie powiatu występują:

a) ryby: strzeble, kiełbie,
b) płazy: salamandra plamista, traszka (grzebieniasta, zwyczajna, karpacka, górska), kumak górski, ropucha (zwyczajna, zielona), rzekotka drzewna, grzebiuszka ziemna,
c) gady: zaskroniec zwyczajny, jaszczurka (żyworodna, padalec, zwinka), gniewosz plamisty, żmija zygzakowata,
d) ptaki: dzięcioł (czarny, zielony, pstry, krętogłów), bocian, derkacz, puszczyk, skowronek, jaskółka, drozd, mysikrólik, wilga, zięba, czyż, krzyżodzioby, szczygieł, kulczyk, trznadel, kukułka, jemiołuszka, pustułka, kowalik, szpak, kos, rudzik, pliszka, pluszcz, sikorka, głuszec, myszołów zwyczajny, orzeł przedni,
e) ssaki: niedźwiedź brunatny, wilk, nietoperz (gacek wielkouch, gacek wąsatek), jeż, kret, ryjówka (aksamitna, górska, malutka), wiewiórka.